Уникальная реликтовая малочисленная популяция микижи, постоянно живущая в пресной воде. Численность Шантарской микижи невелика и не превышает нескольких сотен штук. Препятствием к увеличению численности служат небольшие размеры самой реки и сильная пищевая конкуренция с ленком, занимающим ту же нишу. Нуждается в строгой охране, которую возможно осуществить при условии создания заповедника на Шантарских островах.